Cómo calcular una nómina con incapacidad en México

Calcular la nómina ya es un reto, así que cuando un trabajador no puede desempeñar su trabajo por una enfermedad, accidente o maternidad, todo puede ser más complicado. Es justo cuando aparece la pregunta: ¿cómo calcular una nómina con incapacidad?

En México, las incapacidades se regulan por el Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), que determina los días de reposo y el monto del subsidio que recibirá el colaborador. Sin embargo, el cálculo en nómina depende de varios factores: el tipo de incapacidad, los días trabajados, si la empresa decide complementar el pago y cómo se registra todo en el CFDI de nómina para cumplir con el SAT.

En este artículo te explicamos cómo calcular una nómina con incapacidad; qué se paga, quién lo paga y cómo timbrar correctamente. 

¿Qué es una incapacidad y por qué impacta la nómina?

Una incapacidad es el documento oficial que emite el Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) cuando un trabajador no puede desempeñar sus labores por motivos de salud, accidente o maternidad. Es una constancia médica con validez legal, que protege al colaborador y permite que reciba un subsidio económico durante los días que no trabaja.

De esta forma, el IMSS reconoce tres tipos de situaciones:

• Incapacidad por enfermedad general: cuando la causa no está relacionada con el trabajo.
• Incapacidad por riesgo de trabajo: si el accidente o enfermedad derivan directamente de sus funciones.
• Incapacidad por maternidad o paternidad: en los periodos prenatal y postnatal.
  

El IMSS entrega esta constancia en un formato conocido como certificado de incapacidad (ST-2 o ST-7), donde se indican los días que el trabajador no podrá laborar. Este documento justifica su ausencia, y también activa el pago del subsidio por parte del IMSS y define cómo debe reflejarse en la nómina.

Entonces, ¿cómo calcula el IMSS lo que paga y desde cuándo? Aquí te explicamos cómo funciona cada tipo de incapacidad y cómo impacta en la nómina.

Tipos de incapacidad y cómo afectan la nómina

Antes de abrir el Excel o timbrar el CFDI, es clave entender qué tipo de incapacidad se está gestionando, porque cada una tiene reglas distintas en cuanto a quién paga, cuánto se paga y cómo se registra en la nómina.

1. Enfermedad general (EG)

Se otorga cuando el trabajador sufre una enfermedad no relacionada directamente con su trabajo. En este caso, el IMSS paga el 60 % del salario base de cotización (SBC), a partir del cuarto día de incapacidad.

Los primeros tres días no se cubren, a menos que la empresa tenga una política interna más flexible o un convenio que indique lo contrario.

Por ejemplo: 

• Si una persona gana $600 diarios y se incapacita 10 días por enfermedad general, el IMSS pagará 60 % × 7 días × $600 = $2 520, mientras que la empresa solo cubrirá los días realmente trabajados antes o después de la incapacidad.

Nuestro consejo en este caso es conservar siempre el certificado médico original emitido por el IMSS (formato ST-2) y registrar las fechas exactamente como aparecen; eso es lo que valida la ausencia ante el Seguro y ante el SAT.

2. Riesgo de trabajo (RT)

Aplica cuando el trabajador sufre un accidente o enfermedad derivada de sus labores. Aquí las condiciones cambian, pues el IMSS cubre el 100 % del salario base de cotización desde el primer día de incapacidad, sin periodo de espera.

El trabajador recibe el pago completo a través del subsidio del IMSS hasta que se le dé el alta médica. Mientras tanto, la empresa solo debe pagar los días efectivamente trabajados en el periodo y reflejar la incapacidad en el CFDI para mantener coherencia en días y percepciones.

Un ejemplo es cuando: 

• Un operador sufre una lesión durante su jornada. El IMSS otorga 12 días de incapacidad por riesgo de trabajo. En ese tiempo, el Seguro cubre el 100 % del SBC, y la empresa únicamente líquida los días previos o posteriores, según corresponda.

Complementa esta información con nuestro artículo Tabla de indemnización por accidente de trabajo en México. Cálculo y ley aplicable

3. Incapacidad por maternidad

Cuando una trabajadora está embarazada, el IMSS le otorga 84 días de incapacidad con el 100 % del salario base de cotización. Estos normalmente se dividen en 42 días antes del parto y 42 después, siempre que haya cumplido con las semanas de cotización requeridas.

Durante ese tiempo, el IMSS realiza el pago directo, y el patrón únicamente debe registrar la ausencia en su nómina, indicando el tipo de incapacidad.

En el caso de una licencia por paternidad, el permiso corre a cargo de la empresa y se paga como salario normal; no es un subsidio del IMSS.

Es importante aclarar que lo que paga el IMSS no es el salario, sino un subsidio directo al trabajador. Esto significa que: 

• No integra al salario base de cotización.
• No está sujeto a retención de ISR.
• Y si la empresa decide adelantar el pago por política interna, puede recuperarlo posteriormente contra las cuotas del IMSS.

Por otro lado, el patrón solo paga:

• Los días realmente trabajados.
• Y cualquier complemento que quiera ofrecer (por política o contrato colectivo).

¿Cómo timbrar el CFDI cuando hay incapacidad?

Nuestra recomendación es comenzar con lo técnico pero sin complicarte. Ahora te explicamos qué campos del CFDI debes llenar, qué significan y cómo evitar errores que después generan ajustes o diferencias con el IMSS.

En el CFDI de nómina versión 1.2 (y versiones posteriores) debes incluir el nodo <Incapacidades> con los siguientes datos:

• Tipo Incapacidad:
  • 01 = Riesgo de trabajo
  • 02 = Enfermedad general
  • 03 = Maternidad
  • 04 = Paternidad
    
• Días Incapacidad: el número de días que el trabajador se incapacita según el certificado del IMSS.
• Importe Monetario: el monto del subsidio que adelantaste como empresa si lo adelantaste. Si no adelantaste, este campo va en $0 y solo estás informando la incapacidad para que los sistemas del SAT y del IMSS concuerden.

Consejos para timbrar correctamente una nómina con incapacidad

• No registres como salario lo que paga el IMSS. Si el patrón adelanta un complemento, ese complemento se timbra como percepción (gravada o exenta, según aplique).
• Si la empresa no pagó nada porque el trabajador estuvo incapacitado todo el periodo, algunos sistemas podrían no timbrar “recibos en cero”. Verifica si tu proveedor lo permite.
• Usa correctamente los campos de percepciones, deducciones u otros pagos para que en el CFDI quede claro que se trata de incapacidad. Un error frecuente es integrarlo de forma incorrecta y provocar revisiones.

Cómo calcular una nómina con incapacidad: paso a paso 

Calcular una nómina con incapacidad no tiene por qué ser un caos. Si sigues un orden lógico (desde identificar los días hasta timbrar el CFDI), puedes evitar errores, mantener todo en regla y asegurarte de que el IMSS y el SAT reciban información coherente.

Aquí te dejamos una guía práctica, lista para aplicar tanto si trabajas en Recursos Humanos como si asesoras a empresas en el cálculo de nómina.

Paso 1: Identifica el periodo y los días

El primer paso es tener claridad sobre qué días se van a pagar y cuáles cubre el IMSS.

1. Define el periodo de pago (quincena o mes).
2. Revisa los certificados de incapacidad (ST-2 o ST-7) y determina:
   • Días efectivamente trabajados.
   • Días de incapacidad.
   • Dentro de esos días, distingue los que son “sin goce” (los tres primeros en enfermedad general) y los que tienen subsidio por parte del IMSS.

Un tip es usar el número de días que aparece en el certificado del IMSS, no los que tú calcules manualmente. Si hay diferencia, el sistema del Seguro puede marcar inconsistencia al cruzar información.

Paso 2: Calcula el pago patronal

Una vez definidos los días, toca calcular cuánto paga la empresa realmente.

• Usa el sueldo mensual o el salario diario integrado (SDI) como base.
• Haz el cálculo proporcional al número de días que la persona realmente trabajó.

• Utiliza esta fórmula: Sueldo mensual ÷ 30 × días trabajados.

• No pagues como salario los días cubiertos por el IMSS, a menos que tu empresa ofrezca un complemento para que el trabajador no pierda ingreso.
• Si existen variables como bonos o comisiones, inclúyelas solo si se generaron durante los días laborados.

Por ejemplo,  si un colaborador gana $18,000 mensuales y trabajó 15 días, el pago patronal será $18,000 ÷ 30 × 15 = $9,000.

El resto lo cubre el IMSS, según el tipo de incapacidad.

Paso 3: Calcula ISR, cuotas obreras y otros descuentos

Aquí es donde muchas empresas se enredan, pero es más sencillo de lo que parece.

• ISR: solo se calcula sobre lo que paga el patrón. El subsidio del IMSS está exento y no entra en la base del ISR.
• Cuotas obreras y patronales (IMSS, Infonavit, etc.): se aplican únicamente sobre los días trabajados o las percepciones pagadas por la empresa.
• Complementos patronales: si la empresa otorga un pago adicional durante la incapacidad, identifica si será gravado o exento, y si debe integrar o no al salario base de cotización.

Paso 4: Timbrado del CFDI

El último paso de cómo calcular una nómina con incapacidad es asegurarte de que la información quede correctamente registrada en el CFDI de nómina. Este documento debe reflejar la incapacidad con precisión para evitar discrepancias entre el SAT y el IMSS.

• Registra las percepciones (lo que efectivamente pagó la empresa), las deducciones y, si aplica, los otros pagos.
  

• Agrega el nodo <Incapacidades> con los siguientes campos:
  

1. 1. • Tipo de incapacidad: 01 (Riesgo de trabajo), 02 (Enfermedad general), 03 (Maternidad), 04 (Paternidad).
      • Días de incapacidad: según el certificado del IMSS.
      • Importe monetario: solo si la empresa adelantó el subsidio. Si no, este valor va en $0.

• Verifica que los días totales coincidan con el periodo y los registros de asistencia.

• Guarda los certificados ST-2 o ST-7 en el expediente del trabajador, tanto físico como digital.

Documentar correctamente cada incapacidad evita multas o aclaraciones posteriores, además fortalece tu proceso ante auditorías internas y validaciones del IMSS. Con un software especializado en Gestión Documental puedes centralizar certificados, comprobantes y recibos de nómina en un solo lugar, sin depender de archivos sueltos o correos.

Todo este proceso puede ser mucho más sencillo con Factorial Nómina. El sistema calcula automáticamente el ISR, IMSS e INFONAVIT, aplica incapacidades y genera CFDI válidos sin que tengas que revisar fórmula por fórmula.

Ejemplos para entender cómo calcular una nómina con incapacidad en México

Hasta aquí ya tenemos la teoría clara, pero nada como ver cómo se traduce en números reales. A continuación te compartimos algunos ejemplos prácticos de nómina con incapacidad, para que visualices cómo cambia el cálculo según el tipo de subsidio del IMSS, los días trabajados y el tratamiento fiscal que corresponde en cada caso.

A) Enfermedad general (EG)

• Sueldo mensual: $15,000
• Incapacidad: 12 días (tipo 02)

Cálculo:

• Días trabajados: 15
• Días de espera (no pagados): 3
• Días con subsidio IMSS: 9 al 60% del SBC

Resultado:

• Sueldo patronal = $15,000 / 30 × 15 = $7,500
• ISR e IMSS solo sobre esos $7,500
• Subsidio IMSS (fuera de nómina): 60% × 9 días
• CFDI: percepciones $7,500, nodo tipo 02 con 12 días

B) Riesgo de trabajo (RT)

• Sueldo mensual: $18,000
• Incapacidad: 10 días (tipo 01)

Resultado:

• IMSS paga 100% del SBC × 10 días
• El patrón solo paga lo proporcional a días trabajados
• CFDI: se reporta tipo 01, días 10, Importe Monetario si aplica anticipo

Recuerda que si la empresa da un complemento para que el trabajador no pierda ingreso, se timbra como percepción aparte.

Caso práctico de Enfermedad General

• Sueldo bruto mensual: $20,000
• Incapacidad: 18 días (tipo 02)
• Días trabajados: 9
• Días de espera: 3
• Días con subsidio IMSS: 15 (60% SBC)

Cálculo:

1. Sueldo patronal: $20,000 / 30 × 9 = $6,000
2. ISR y cuotas obreras: solo sobre esos $6,000
3. Subsidio IMSS: 60% × 15 días (fuera de nómina)
4. CFDI: percepciones $6,000, nodo tipo 02, Días=18, ImporteMonetario si se aplicó anticipo

5 Errores comunes en cómo calcular una nómina con incapacidad (y como evitarlos)

Aunque calcular una nómina con incapacidad parece sencillo, hay varios detalles que pueden generar errores en el timbrado o inconsistencias con el IMSS. En este apartado te contamos los más frecuentes y cómo resolverlos antes de que te compliquen el cierre de mes. 

Error 1: Pagar como salario lo que ya cubre el IMSS

Uno de los fallos más comunes es incluir en la nómina el monto que ya fue cubierto directamente por el IMSS. Esto provoca duplicidad de pago y desajustes en ISR e IMSS, porque estarías reportando como salario algo que no lo es.

¿Cómo evitarlo?

• Siempre separa el salario patronal (lo que paga la empresa) del subsidio del IMSS (lo que cubre el Seguro).
• En el CFDI, registra únicamente lo que pagó el patrón y reporta la incapacidad en el nodo correspondiente.

Error 2: Olvidar el nodo “Incapacidades” en el CFDI

Cada incapacidad debe reflejarse en el CFDI con su propio nodo. Si se omite, el SAT no podrá identificar la diferencia entre días laborados y no laborados, lo que puede generar alertas o aclaraciones.

Puedes evitarlo al: 

• Siempre incluir los campos Tipo de incapacidad, Días de incapacidad e ImporteMonetario (si aplica).

• Verificar que los días coincidan con los certificados del IMSS (ST-2 o ST-7).

Error 3: Calcular el ISR como si fuera un mes completo

Aplicar la tabla mensual completa sin ajustar el ingreso real del periodo lleva a retenciones de ISR incorrectas y diferencias contables.

¿Cómo evitarlo?

• Calcula el ISR solo sobre los ingresos efectivamente pagados por el patrón.
• Excluye el subsidio del IMSS, ya que está exento y no forma parte del salario.

Te recomendamos que si el trabajador solo laboró algunos días, utiliza la tabla de ISR proporcional o ajusta el cálculo al periodo trabajado.

Conoce cómo calcular el ISR en nuestra guía completa con tabla actualizada al 2025. 

Error 4: No actualizar el SDI (Salario Base de Cotización)

El SDI se usa para calcular las cuotas al IMSS. Si no se actualiza cuando cambia el salario o el tipo de pago, el sistema puede detectar inconsistencias y generar diferencias en tus declaraciones.

Évitalo:

• Actualizando el SDI en el sistema de nómina cada vez que haya un cambio en salario, variables o complementos.
• Revisando que el SDI que reportas coincida con el registrado ante el IMSS.

Error 5: No validar los certificados del IMSS

El certificado médico es la base legal para justificar la ausencia y determinar los días con subsidio. Si no validas su autenticidad o fechas, podrías estar reportando días incorrectos o usar un documento no oficial.

Cómo evitarlo: 

• Usa únicamente los certificados ST-2 (enfermedad general) o ST-7 (riesgo de trabajo) emitidos por el IMSS.
• Verifica que las fechas y el número de días coincidan con el reporte del trabajador.
• Conserva una copia digital en tu sistema de Gestión Documental de Factorial para tener respaldo en caso de auditoría.

La nómina con incapacidad también puede ser simple (si tienes las herramientas adecuadas)

Gestionar cómo calcular una nómina con incapacidad no debería sentirse como un rompecabezas. Conociendo las reglas del IMSS, aplicando el cálculo correcto y timbrando de forma precisa, puedes mantener tus nóminas en orden y proteger tanto a tus colaboradores como a tu empresa.

Cada incapacidad bien registrada refleja una gestión responsable: sin duplicar pagos, sin errores de ISR y sin sustos del SAT o del IMSS. Sin embargo, hacerlo manualmente, o con hojas de cálculo, ya no es sostenible. Especialmente si administras varios casos al mes. 

Con el software especializado en nóminas de Factorial puedes automatizar todo el proceso:

• Calcula ISR, IMSS e INFONAVIT automáticamente, incluso con incapacidades o ausencias.
• Emite CFDI 4.0 válidos ante el SAT, sin errores de timbrado.
• Integra todo con asistencia, vacaciones y gestión documental en una sola plataforma.

Ahorra horas de trabajo, evita errores y mantén tu cumplimiento al día con una solución pensada para el contexto mexicano. Optimiza tu gestión de nómina con Factorial México. Automatiza, timbra y olvídate de los errores. 👉 Solicita tu demo gratuita aquí.